2041 год. В результате масштабного прорыва в области кибернетики граждане получили возможность заменять собственные конечности на высокотехнологичные протезы. Сотрудница девятого подразделения службы безопасности, майор Мотоко Кусанаги, занимается расследованием деятельности загадочного хакера, известного под псевдонимом Кукловод.
В ходе оперативных мероприятий майор Кусанаги сталкивается с серией сложных киберинцидентов, которые указывают на исключительный уровень мастерства злоумышленника. Методы Кукловода демонстрируют глубокое понимание нейрокомпьютерных интерфейсов и способность манипулировать кибернетическими имплантами на расстоянии.